MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Rickettsia rickettsii str. Hlp#2 chromosome

Total Repeats: 24177

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016915	ATT	2	6	13	18	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018504
2	NC_016915	GCA	2	6	58	63	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018504
3	NC_016915	TAT	2	6	182	187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018504
4	NC_016915	ATT	2	6	274	279	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018504
5	NC_016915	T	6	6	293	298	0 %	100 %	0 %	0 %	379018504
6	NC_016915	ATG	2	6	392	397	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018504
7	NC_016915	ATA	2	6	433	438	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018504
8	NC_016915	GTA	2	6	574	579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018504
9	NC_016915	TTA	2	6	587	592	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018504
10	NC_016915	CAG	2	6	767	772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018504
11	NC_016915	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018504
12	NC_016915	AT	3	6	787	792	50 %	50 %	0 %	0 %	379018504
13	NC_016915	A	6	6	801	806	100 %	0 %	0 %	0 %	379018504
14	NC_016915	ATA	2	6	812	817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018504
15	NC_016915	ATA	2	6	1196	1201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018505
16	NC_016915	AAAGTA	2	12	1229	1240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	379018505
17	NC_016915	TGA	2	6	1255	1260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018505
18	NC_016915	GTA	2	6	1293	1298	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018505
19	NC_016915	CAA	2	6	1355	1360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379018505
20	NC_016915	A	7	7	1359	1365	100 %	0 %	0 %	0 %	379018505
21	NC_016915	TAA	2	6	1384	1389	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018505
22	NC_016915	TCT	2	6	1503	1508	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379018506
23	NC_016915	A	6	6	1511	1516	100 %	0 %	0 %	0 %	379018506
24	NC_016915	TC	3	6	1521	1526	0 %	50 %	0 %	50 %	379018506
25	NC_016915	A	6	6	1581	1586	100 %	0 %	0 %	0 %	379018506
26	NC_016915	AT	3	6	1646	1651	50 %	50 %	0 %	0 %	379018506
27	NC_016915	TA	3	6	1764	1769	50 %	50 %	0 %	0 %	379018506
28	NC_016915	ATA	3	9	1767	1775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018506
29	NC_016915	A	7	7	1793	1799	100 %	0 %	0 %	0 %	379018506
30	NC_016915	GTA	2	6	1833	1838	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018506
31	NC_016915	TGA	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018506
32	NC_016915	GAA	2	6	1990	1995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018506
33	NC_016915	AAT	2	6	2020	2025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018506
34	NC_016915	AAG	2	6	2037	2042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018506
35	NC_016915	TTA	2	6	2075	2080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018506
36	NC_016915	CAA	3	9	2138	2146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379018506
37	NC_016915	T	8	8	2170	2177	0 %	100 %	0 %	0 %	379018507
38	NC_016915	A	6	6	2180	2185	100 %	0 %	0 %	0 %	379018507
39	NC_016915	T	6	6	2245	2250	0 %	100 %	0 %	0 %	379018507
40	NC_016915	T	6	6	2305	2310	0 %	100 %	0 %	0 %	379018507
41	NC_016915	T	6	6	2314	2319	0 %	100 %	0 %	0 %	379018507
42	NC_016915	GA	3	6	2332	2337	50 %	0 %	50 %	0 %	379018507
43	NC_016915	AGC	2	6	2390	2395	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018507
44	NC_016915	ATA	2	6	2435	2440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018507
45	NC_016915	A	7	7	2440	2446	100 %	0 %	0 %	0 %	379018507
46	NC_016915	T	7	7	2464	2470	0 %	100 %	0 %	0 %	379018507
47	NC_016915	TA	3	6	2496	2501	50 %	50 %	0 %	0 %	379018507
48	NC_016915	TTTTA	2	10	2536	2545	20 %	80 %	0 %	0 %	379018507
49	NC_016915	ATA	2	6	2573	2578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018507
50	NC_016915	TAA	2	6	2604	2609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018507
51	NC_016915	TG	3	6	2612	2617	0 %	50 %	50 %	0 %	379018507
52	NC_016915	TTAT	2	8	2697	2704	25 %	75 %	0 %	0 %	379018507
53	NC_016915	AT	3	6	2756	2761	50 %	50 %	0 %	0 %	379018507
54	NC_016915	ATG	2	6	2834	2839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018507
55	NC_016915	TAT	2	6	2854	2859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018507
56	NC_016915	TTA	2	6	2868	2873	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018507
57	NC_016915	ATTTA	2	10	2889	2898	40 %	60 %	0 %	0 %	379018507
58	NC_016915	TTAT	2	8	2919	2926	25 %	75 %	0 %	0 %	379018507
59	NC_016915	A	6	6	2983	2988	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
60	NC_016915	CTC	2	6	3065	3070	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	379018508
61	NC_016915	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	379018508
62	NC_016915	ATT	2	6	3076	3081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
63	NC_016915	ATT	2	6	3089	3094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
64	NC_016915	T	6	6	3132	3137	0 %	100 %	0 %	0 %	379018508
65	NC_016915	ATT	2	6	3202	3207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
66	NC_016915	A	7	7	3246	3252	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
67	NC_016915	A	6	6	3263	3268	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
68	NC_016915	ACTA	2	8	3303	3310	50 %	25 %	0 %	25 %	379018508
69	NC_016915	CAAA	2	8	3348	3355	75 %	0 %	0 %	25 %	379018508
70	NC_016915	AGA	2	6	3375	3380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
71	NC_016915	AGA	2	6	3390	3395	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
72	NC_016915	AGC	2	6	3405	3410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018508
73	NC_016915	TGC	2	6	3417	3422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379018508
74	NC_016915	TG	3	6	3437	3442	0 %	50 %	50 %	0 %	379018508
75	NC_016915	A	7	7	3517	3523	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
76	NC_016915	A	7	7	3536	3542	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
77	NC_016915	GA	3	6	3544	3549	50 %	0 %	50 %	0 %	379018508
78	NC_016915	T	6	6	3573	3578	0 %	100 %	0 %	0 %	379018508
79	NC_016915	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
80	NC_016915	TATT	2	8	3615	3622	25 %	75 %	0 %	0 %	379018508
81	NC_016915	GTT	2	6	3644	3649	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379018508
82	NC_016915	GAG	2	6	3685	3690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379018508
83	NC_016915	TTGC	2	8	3745	3752	0 %	50 %	25 %	25 %	379018508
84	NC_016915	A	6	6	3788	3793	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
85	NC_016915	TAT	2	6	3846	3851	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
86	NC_016915	GCA	2	6	3874	3879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018508
87	NC_016915	AGA	2	6	3972	3977	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
88	NC_016915	AT	3	6	4006	4011	50 %	50 %	0 %	0 %	379018508
89	NC_016915	CTA	2	6	4067	4072	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018508
90	NC_016915	TAT	2	6	4123	4128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
91	NC_016915	TTA	2	6	4129	4134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
92	NC_016915	GGTCA	2	10	4136	4145	20 %	20 %	40 %	20 %	379018508
93	NC_016915	TGT	2	6	4149	4154	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379018508
94	NC_016915	AT	3	6	4316	4321	50 %	50 %	0 %	0 %	379018508
95	NC_016915	AG	3	6	4335	4340	50 %	0 %	50 %	0 %	379018508
96	NC_016915	ATA	2	6	4343	4348	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
97	NC_016915	TA	3	6	4423	4428	50 %	50 %	0 %	0 %	379018508
98	NC_016915	GGC	2	6	4594	4599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	379018508
99	NC_016915	GCA	2	6	4618	4623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018508
100	NC_016915	A	6	6	4645	4650	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
101	NC_016915	TA	3	6	4675	4680	50 %	50 %	0 %	0 %	379018508
102	NC_016915	GAA	2	6	4717	4722	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
103	NC_016915	AAG	2	6	4748	4753	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
104	NC_016915	AAT	2	6	4759	4764	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
105	NC_016915	GAA	2	6	4765	4770	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
106	NC_016915	TAA	2	6	4785	4790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
107	NC_016915	CTA	2	6	4809	4814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018508
108	NC_016915	TAAAT	2	10	4845	4854	60 %	40 %	0 %	0 %	379018508
109	NC_016915	GAG	2	6	4858	4863	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	379018508
110	NC_016915	AT	3	6	4867	4872	50 %	50 %	0 %	0 %	379018508
111	NC_016915	CAAAAC	2	12	5070	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	379018508
112	NC_016915	GTAGT	2	10	5171	5180	20 %	40 %	40 %	0 %	379018508
113	NC_016915	AAG	2	6	5201	5206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
114	NC_016915	ACG	2	6	5210	5215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	379018508
115	NC_016915	ATA	2	6	5237	5242	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
116	NC_016915	ATT	2	6	5288	5293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
117	NC_016915	TAA	2	6	5310	5315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
118	NC_016915	AATA	2	8	5316	5323	75 %	25 %	0 %	0 %	379018508
119	NC_016915	GAT	2	6	5329	5334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018508
120	NC_016915	ATTC	2	8	5353	5360	25 %	50 %	0 %	25 %	379018508
121	NC_016915	TGC	2	6	5367	5372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379018508
122	NC_016915	T	6	6	5395	5400	0 %	100 %	0 %	0 %	379018508
123	NC_016915	ATT	2	6	5411	5416	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
124	NC_016915	TGC	2	6	5424	5429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379018508
125	NC_016915	CTA	2	6	5519	5524	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	379018508
126	NC_016915	AGT	2	6	5556	5561	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018508
127	NC_016915	CGC	2	6	5582	5587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	379018508
128	NC_016915	A	7	7	5605	5611	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
129	NC_016915	TTG	2	6	5618	5623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379018508
130	NC_016915	TTA	2	6	5647	5652	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018508
131	NC_016915	ATA	2	6	5669	5674	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
132	NC_016915	TAA	2	6	5738	5743	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
133	NC_016915	ATA	2	6	5761	5766	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
134	NC_016915	GAA	2	6	5767	5772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018508
135	NC_016915	A	6	6	5784	5789	100 %	0 %	0 %	0 %	379018508
136	NC_016915	ATA	2	6	5815	5820	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	379018508
137	NC_016915	ATG	2	6	5848	5853	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	379018508
138	NC_016915	AT	3	6	5901	5906	50 %	50 %	0 %	0 %	379018508
139	NC_016915	CAAAAT	2	12	5923	5934	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	379018508
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141	NC_016915	TAATA	2	10	6031	6040	60 %	40 %	0 %	0 %	379018508
142	NC_016915	T	7	7	6084	6090	0 %	100 %	0 %	0 %	379018509
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146	NC_016915	TGT	2	6	6211	6216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	379018509
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250	NC_016915	T	6	6	12278	12283	0 %	100 %	0 %	0 %	379018517
251	NC_016915	AATT	2	8	12292	12299	50 %	50 %	0 %	0 %	379018517
252	NC_016915	CTT	2	6	12306	12311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379018517
253	NC_016915	T	6	6	12310	12315	0 %	100 %	0 %	0 %	379018517
254	NC_016915	AC	3	6	12338	12343	50 %	0 %	0 %	50 %	379018517
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257	NC_016915	T	7	7	12429	12435	0 %	100 %	0 %	0 %	379018517
258	NC_016915	TTA	2	6	12459	12464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	379018517
259	NC_016915	TTAA	2	8	12473	12480	50 %	50 %	0 %	0 %	379018517
260	NC_016915	TAACG	2	10	12534	12543	40 %	20 %	20 %	20 %	379018517
261	NC_016915	GTG	2	6	12563	12568	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	379018517
262	NC_016915	TA	3	6	12641	12646	50 %	50 %	0 %	0 %	379018517
263	NC_016915	TCG	2	6	12671	12676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	379018517
264	NC_016915	CGCTC	2	10	12713	12722	0 %	20 %	20 %	60 %	379018517
265	NC_016915	TTC	2	6	12940	12945	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	379018518
266	NC_016915	AGA	2	6	12992	12997	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	379018518
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